Johann Philipp Becher stammte aus einer Familie, die aus Böhmen über das Bergrevier Bieber bei Hanau nach Dillenburg gekommen und eng mit dem Hüttenwesen verbunden war. Sein Großvater Johann Adam Becher war Steiger auf der Grube Weihereck und Schmelzer in der Kupferhütte auf der Nanzenbach, der späteren Isabellenhütte bei Dillenburg. Nach seinem Fortgang in das Kupfergebiet um Thalitter (1745) übernahm dessen Sohn Valentin 22jährig die Nachfolge als Schmelzer auf der Kupferhütte, 1750 wurde er Hüttenkommissar, verunglückte jedoch 1758 tödlich. Sein jüngerer Sohn wurde Regiments- und Landchirurg, sein älterer Sohn aber, Johann Philipp, wurde, wie der Vater und Großvater, im Berg- und Hüttenwesen tätig.

Johann Philipp Becher studierte nach dem Besuch der Lateinschule in Dillenburg zunächst Mathematik auf der Hohen Schule in Herborn, wandte sich dann aber der Markscheidekunst und den Bergwissenschaften zu, ausgestattet mit einem landesherrliches Stipendium für Reisen und einen Studienaufenthalt an der Bergakademie Freiberg. 1774 erhielt er Akzeß zur Berg- und Hüttenkommission, der oberen Bergbehörde für die nassau-oranischen Lande. In dieser ersten Funktion verfasste er die Abhandlung „Plan mitzuteilender Bergwerksnachrichten vom ältesten Nassauischen Bergbau“. Bald darauf wurde er Bergsekretär mit regelmäßiger Besoldung, 1790 Assessor, 1793 Bergrat und 1800 Oberbergrat in der Berg- und Hüttenkommission.

In dem neuentstandenen Großherzogtum Berg, zu dem auch Dillenburg gehörte, wurde er Leiter des Berg- und Hüttenwesens für das Siegdepartement. Nach dem Ende der napoleonischen Zeit trat er in preußische Dienste. Am 1. Januar 1816 wurde er Mitglied der Rheinischen Oberbergamts-kommission in Bonn und war dabei zuständig für die Direktion der Bergamtskommission Siegen, wozu auch der Kreis Wetzlar gehörte. Wegen seiner Verdienste um die Geognosie erhielt er 1823 die Ehrendoktorwürde der Universität Bonn. Er starb am 26. April 1831 im Alter von 79 Jahren im Ruhestand, den er in Wiesbaden verlebte.

1789 veröffentlichte Johann Philipp Becher sein Hauptwerk, die „Mineralogische Beschreibung der Oranien-Nassauischen Lande, nebst einer Geschichte des Siegenschen Hütten- und Hammerwesens“. Er lieferte damit als erster eine wissenschaftliche Beschreibung der mineralogischen Gegebenheiten, der Fundstätten, Gewinnung und Verarbeitung von Mineralien in Nassau-Oranien. Er gab eine Darstellung des Bergbaus und des Hüttenwesens seiner Zeit und vorangegangener Epochen, wobei er sich u.a. auf die Unterlagen im Dillenburger Archiv stützen konnte. Damit schuf er eine wichtige Grundlage der Eisenindustrie im Dillgebiet und im Siegerland.